City of Boerne c. Flores , affaire dans laquelle la Cour suprême des États-Unis, le 25 juin 1997, a statué (6–3) que la Religious Freedom Restoration Act (RFRA) de 1993 excédait les pouvoirs du Congrès. Selon le tribunal, bien que la loi soit constitutionnelle concernant les actions fédérales, elle ne peut pas être appliquée aux États.
À Boerne, au Texas, l'église catholique locale, un bâtiment traditionnel de style adobe, était devenue trop petite pour sa congrégation, et en 1993, Patrick F. Flores, l'archevêque de San Antonio, a demandé un permis pour agrandir l'église. Le conseil municipal a refusé le permis, invoquant une ordonnance visant à préserver son quartier historique. Flores a intenté une action en justice, affirmant que le refus du permis enfreignait la RFRA, qui stipule que «[le gouvernement] ne doit pas imposer une charge substantielle à l'exercice de la religion d'une personne même si le fardeau résulte d'une règle d'applicabilité générale.» La loi s'appliquait aux gouvernements fédéral et des États.
Le RFRA est venu trois ans après Division de l' emploi, ministère des Ressources humaines de l' Oregon v. Smith(1990), dans laquelle la Cour suprême a statué qu'un État pouvait refuser des allocations de chômage aux membres de l'Église amérindienne qui avaient été licenciés parce qu'ils avaient ingéré du peyotl à des fins sacramentelles; le tribunal a expliqué que les lois officiellement neutres en matière de religion peuvent être appliquées par le gouvernement. En réponse, le Congrès a adopté la RFRA, rendant plus difficile pour les gouvernements de passer outre les libertés religieuses. En étendant la loi aux gouvernements des États, le Congrès s'est appuyé sur la section 5 du quatorzième amendement, qui lui a donné le pouvoir d'appliquer les dispositions de cet amendement; le Quatorzième Amendement exige une procédure régulière avant de priver une personne de la vie, de la liberté ou de la propriété, et une égale protection devant la loi.
À Flores , un tribunal de district fédéral a statué pour Boerne, jugeant que la RFRA était inconstitutionnelle. La Cour d'appel du cinquième circuit, cependant, a infirmé en jugeant la loi constitutionnelle.
L'affaire a été plaidée devant la Cour suprême le 19 février 1997. Elle a statué que le Congrès n'a pas le pouvoir discrétionnaire absolu de promulguer des lois en vertu de l'article 5 du quatorzième amendement. Le Congrès n'a le pouvoir que d'appliquer les dispositions, a estimé le tribunal, mais ne peut pas modifier le droit qu'il applique. En effet, le Congrès a un pouvoir de réparation pour empêcher les abus en vertu du quatorzième amendement. Pour illustrer ce point, le tribunal a cité la loi de 1965 sur les droits de vote. La cour a confirmé cette loi dans plusieurs affaires, estimant que le Congrès avait le droit de promulguer des «mesures correctives et préventives» pour corriger «la discrimination raciale répandue et persistante» les États Unis. Dans le cas de la RFRA, cependant,le tribunal a conclu que l'historique législatif de la loi manquait «d'exemples de lois généralement applicables adoptées en raison du sectarisme religieux au cours des 40 dernières années». De plus, le tribunal a conclu que l'acte était «tellement disproportionné par rapport à un prétendu objet réparateur ou préventif qu'il ne pouvait pas être interprété comme répondant ou conçu pour empêcher un comportement inconstitutionnel».
En outre, le tribunal a estimé que la RFRA était trop large et conduirait à une intrusion à tous les niveaux de gouvernement. Le tribunal s'est demandé comment il déterminerait si une action gouvernementale pèse lourdement sur la liberté religieuse d'une personne. La Cour a conclu que la RFRA était «une intrusion considérable du Congrès dans les prérogatives traditionnelles et l'autorité générale des États» et était donc inconstitutionnelle lorsqu'elle était appliquée aux États. La décision du cinquième circuit a été annulée.
