Le 24 octobre 1962, Journée des Nations Unies, un drapeau a été hissé pour la première fois pour le Territoire sous tutelle des îles du Pacifique (TTPI), qui, sous la supervision des Nations Unies, était administré par les États-Unis. Les couleurs de ce drapeau, bleu clair et blanc, étaient inspirées de celles du drapeau des Nations Unies. Conçu par Gonzalo Santos, le drapeau a reçu l'approbation finale en 1965 sur la base d'un vote au Congrès national de Micronésie.
Les six étoiles blanches du drapeau du territoire sous tutelle correspondaient aux six districts du pays - Palau, les îles Marshall et les îles Mariannes du Nord (qui devinrent plus tard des États séparés), ainsi que Yap, Truk (aujourd'hui Chuuk), et Ponape (maintenant Pohnpei). Les trois derniers groupes insulaires sont devenus les États fédérés de Micronésie en 1979, avec le district supplémentaire de Kusaie (aujourd'hui Kosrae). Le nouveau drapeau micronésien a été conçu et approuvé par un congrès provisoire le 30 novembre 1978. Basé sur la conception et le symbolisme du drapeau autrefois utilisé par le territoire sous tutelle, ce drapeau présentait quatre étoiles blanches à cinq branches pour les quatre districts (États) , centré sur un champ bleu pour l'océan Pacifique. Un rayon de chaque étoile pointait loin du centre du drapeau, comme s'il était disposé sur un anneau imaginaire.La libre association avec les États-Unis a été obtenue le 3 novembre 1986, et plus tard une légère modification a été apportée au drapeau: le bleu foncé a été remplacé par le «bleu des Nations Unies» du drapeau TTPI original.
