L'indépendance du Monténégro a été reconnue en 1878 et cette année-là, le Monténégro a adopté le drapeau tricolore horizontal rouge-bleu-blanc de la Serbie (avec lequel il avait des liens lâches) pour son propre drapeau d'État. Ses couleurs pan-slaves ont été inspirées du drapeau russe. Lorsque le Monténégro a acquis une marine, des symboles du prince (plus tard roi) Nicolas sont apparus sur le dessin. Après la Première Guerre mondiale, le Monténégro indépendant avec plusieurs autres pays des Balkans est devenu une partie du Royaume des Serbes, Croates et Slovènes (rebaptisé plus tard Yougoslavie) et n'avait pas de drapeau propre. La Yougoslavie a été dissoute par les puissances de l'Axe pendant la Seconde Guerre mondiale; Le Monténégro, nominalement indépendant, a été occupé par l'Italie et a de nouveau piloté le tricolore rouge-bleu-blanc de juillet 1941 à novembre 1943.
La Yougoslavie a été rétablie en tant que fédération après la guerre et ses républiques constituantes ont été autorisées à adopter des drapeaux. Le Monténégro a utilisé son tricolore, avec une étoile rouge à contour jaune au centre, de décembre 1946 à 1993. La république est restée (avec la Serbie) dans la fédération yougoslave après que les autres républiques en aient fait sécession au début des années 1990; le pays était connu sous le nom de Serbie-et-Monténégro en 2003-2006.
Le 13 juillet 2004, le Monténégro a adopté un drapeau distinctif. Basé sur une ancienne bannière royale, le nouveau drapeau du Monténégro était rouge bordé de jaune. En son centre se trouvait un aigle bicéphale jaune arborant un bouclier avec un lion - les bras dynastiques de la dynastie Njegoš qui régnait autrefois sur le Monténégro. En 2006, un référendum populaire au Monténégro a favorisé sa sécession de la fédération et l'indépendance a été proclamée le 3 juin; le drapeau de 2004 est devenu le drapeau national du Monténégro ce jour-là.
