Au XXe siècle, les deux territoires finalement liés en Papouasie-Nouvelle-Guinée étaient administrés par les Allemands, les Britanniques et les Australiens. Les gouvernements coloniaux n'avaient aucun symbole officiel de pertinence locale, bien qu'un blason proposé pour la Nouvelle-Guinée allemande - jamais adopté en raison de l'implication de l'Allemagne dans la Première Guerre mondiale - présentait un oiseau de paradis. En 1962, un drapeau local incorporait également un oiseau de paradis. Cette conception originale, utilisée par une équipe sportive, était verte et comportait un rendu d'oiseau naturaliste près du palan. Plus tard, l'administration coloniale a développé un drapeau tricolore vertical bleu-jaune-vert comme futur drapeau national possible. La Croix du Sud est apparue sous la forme de cinq étoiles blanches sur la bande de levage, et un oiseau de paradis à silhouette blanche était représenté sur la bande verte.Les étoiles rappelaient celles du drapeau national australien.
Les insulaires n'étaient pas enthousiasmés par la proposition, mais le gouvernement a reçu un projet de conception d'une jeune étudiante, Susan Karike, qui a trouvé un large soutien. L'oiseau de paradis et la constellation ont été conservés, bien que le premier soit jaune au lieu de blanc. Le fond du drapeau a été radicalement changé: deux couleurs, rouge et noir, ont été choisies car elles sont largement présentes dans l'art et les vêtements locaux. La division diagonale a donné un meilleur équilibre à la conception et a rendu le drapeau unique. Le parlement national a reconnu le drapeau le 11 mars 1971 et son utilisation a été étendue aux navires immatriculés en Papouasie-Nouvelle-Guinée lorsque le pays est devenu indépendant le 16 septembre 1975.
